El conocimiento de la distribución de especies y la evolución de su abundancia y parámetros demográficos a largo plazo es un elemento clave en la conservación.
Desde el Departamento de Ornitología coordina o colabora con varios proyectos de esta naturaleza. Entre otros: Programa EMAN (Estaciones para la Monitorización de Aves Nidificantes), Programa EMAI (Estaciones para la Monitorización de Aves Invernantes), Atlas de aves nidificantes de Euskadi, Programa de seguimiento de aves coloniales (gaviotas), aves fluviales, rapaces forestales diurnas, aves necrófagas, cajas-nido en núcleos urbanos; Estación de anillamiento de Txingudi en paso posnupcial.
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